Syyspäivän tasauksena 23.9.1999, ateistien kansainvälisenä juhlapäivänä, perustettiin Helsingissä uusi, itsenäinen ja omavastuinen vapaa-ajattelijayhdistys, Pääkaupunkiseudun vapaa-ajattelijat ry. Yhdistyksen toiminta jatkuu nimellä Pääkaupunkiseudun ateistit ry.

Yhdistykseen voivat liittyä muutkin kuin pääkaupunkiseudulla asuvat ateistit. Yhdistys ottaa jäsenikseen mieluummin toiminnasta kiinnostuneita henkilöitä kuin passiivijäseniä. Jokaisen henkilökohtainen, toiminnallinen panos on paljon arvokkaampi kuin vähäinen jäsenmaksu.